众所周知，沙门氏菌病感染就可以导致卵巢萎缩，使体内雌激素分泌减少，从而使得输卵管功能下降。最初表现为蛋清蛋白分泌和蛋壳钙的分泌减少，而出现沙皮蛋增多，蛋清品质也下降；如果沙门氏菌病没有能够得到及时的控制，随后由于沙门氏菌在体内的逐渐增殖，将使产生越来越多的内毒素，内毒素随静脉血进入血液首先导致血管内弥漫性凝血现象和肝脏清除内毒素的负担加重，重则导致肝功不全，胆汁酸和胆红素在肝脏的淤积（肝脏发绿），这一方面可抑制肝脏枯否氏细胞功能，使其对内毒素和细菌清除能力降低；另一方面又会由于胆盐的排泄受阻，肠道内胆盐减少，有利于革兰氏阴性菌的进一步繁殖和内毒素的产生。进入循环的内毒素可以直接或间接作用，破坏肠黏膜的完整性，如可引起血管内皮细胞的损伤和凋亡，肠小血管收缩，肠血流减少，肠黏膜缺血缺氧致坏死，使粘膜屏障作用下降，肠道细菌和内毒素內移进一步加重，如此恶性循环；循环血液中内毒素将加速肠黏膜上皮顶端的细胞摄取内毒素，并随后脱落以将内毒素排入肠管，这又加剧了肠黏膜更新的速度，需要有更多的能量物质和谷氨酰胺去满足其更新的需要。
肝功能的下降可导致多方面的功能障碍。
1.内分泌失调:感染是一种应激，体内肾上腺皮质分泌的糖皮质激素大大增加，目的是调动机体的能源储备（升高血液葡萄糖和谷氨酰胺），为中枢神经系统提供能源，胃肠粘膜修复提供能量和必需氨基酸_谷氨酰胺。这个过程中产生的大量氨基酸态氮在糖异生过程中生成氨类物质，并进一步经过鸟氨酸循环转化为尿酸，沉积于肾脏，故而导致肾脏花斑肾。
2.血液高水平糖皮质激素可以抑制机体免疫和脑垂体促性腺激素的分泌，致使卵巢逐渐退化，输卵管也将最后退化。
这就是沙门氏菌病导致生殖系统和肾脏病理变化的机制。其他方面的病理过程在此不再缀述。
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