家禽与水禽大肠杆菌病在预防上应重点加强对鸡群的饲养管理，采取综合性的预防措施，尽可能减少各种应激因素。
种蛋传播是本病重要的传播方式。在种禽场，应及时集蛋、存放，种蛋盘、孵化器、出雏器及孵化室每天均应严格消毒，饲料、饮水和空气是本病的主要传播媒介，每天应清除粪便，每隔3—5天对鸡舍进行消毒，可使用0.1%—0.2%新洁尔灭或0.1%—0.2%次氯酸钠或0.4%过氧乙酸溶液或浓戊二醛溶液等。另每天清洗水槽时，在饮水中加入适当浓度的消毒药，一般选用0.02%—0.05%的高锰酸钾溶液。
免疫接种能取得较好的防治效果。目前的商品油乳剂灭活苗多含三种血清型，由于大肠杆菌的血清型很多，最好从发病禽场分离出大肠杆菌制成自场灭活菌苗。但要注意，同一个场内可能存在不同血清型的致病性菌株，所以最好根据其存在情况，有针对性地制作多价菌苗。
免疫程序：肉鸡一般在育雏或幼年期接种一次，蛋鸡在开产前再接种一次。
由于致病性埃希氏大肠杆菌极易产生耐药性，故选择药物前最好做药敏试验。据经验和资料介绍，如下几种药物疗效较好：
①新泰瑞，每100g 加水300公斤，连续自饮3—5天。
②好得快，每100克，加入100千克饲料内，饲喂2—3天。
③ 新力培(2%培氟沙星)每1.0毫升溶水1升，饲喂或饮水3天。
④氟苯尼考粉(0.06%混料)、新力欣(0.01%混料)、新六甲(每千克体重肌注0.2-0.3ml)或0.5% 养殖安880定期拌料。
埃希氏大肠杆菌对四环素、青霉素、强力霉素和复方新诺明等药物敏感性较低，因此在临床上不宜选用。
2014年魏老师建议使用药物预防弱毒禽流感：
①蛋鸡、种鸡：每间隔30天使用“特制板青颗粒”或“双明星”+金玉屏+养殖安混合使用；一个疗程（3-4天）
②白羽肉鸡：每间隔10天使用“特制板青颗粒”或“双明星”+优免+养殖安混合使用。一次使用4天。抗菌药物最佳选择“好得快或金多福”，可以配合使用达到预防或治疗气囊炎的发生。
③种鸭、种鹅、肉鸭、肉鹅：每月间隔20天使用“特制板青颗粒”+优免+正卫健或养殖安混合使用；一个疗程（4-5天）
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