球虫病，是由艾美球虫属寄生虫所引起，是世界性的鸡病，预计每年造成的全球损失超过24亿美元。

在澳大利亚已经鉴定出10种艾美耳球虫，品种以及同一品种内的品系在致病性上变化很大。最近在接种疫苗的农场爆发球虫病已经引起关注，疫苗品系可能不足以保护鸡只。另外，在澳大利亚当前还不能从野生感染病例中分离出疫苗株。

为了评估澳大利亚全国范围内球虫病的状况，昆士兰大学的Jess Morgan领导了一个名为“描述澳大利亚艾美耳的群体结构和多样性” 的CRC项目。该项目最近已经完成，项目采集了澳大利亚各州以及边境地区的艾美耳品种和品系。对艾美耳寄生虫进行DNA测序以鉴定不同的基因标记来区分10种艾美耳的品种和品系。

Morgan博士解释：“精确的疾病诊断对家禽业来说很重要，其中球虫病是一种昂贵的而且几乎普遍存在的问题。”

“我的项目目的是识别新的基因标记来区别澳大利亚的艾美耳品系。已经被开出活的艾美耳疫苗作为对抗不断涌现的耐药品系的一种手段，虽然品种可以通过使用它们的DNA而诊断，但是需要有一个遗传标记来区分艾美耳球虫。”

在三年的项目期间，共进行了5次全国范围的鸡粪采样。对样品进行了传染性艾美耳球虫卵囊的视觉和基因筛选。对样品中没有表征的艾美耳品种的高流行性开发了新的品种诊断基因检测方法，此测试的靶向是线粒体的DNA部位。使用此检测方法筛选了全国的样本，比较了后院养殖鸡群和商业肉鸡群的差异。将一些品系在实验室鸡只上进行传代以获得足够数量的卵囊用于活艾美耳球虫的冷冻保存。

Morgan博士还说：“为了区分品系，对八种纯系艾美耳球虫的线粒体和细胞器基因组的DNA区域进行测序以识别单核苷酸多态性（SNPs）。然后，针对这些SNPs开发出品种特异性检测这样可以筛选混合品种感染中提取的DNA。”

对可公开获得的柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫的核基因组序列进行提炼获得高度重复的DNA序列，称为基因组微卫星。在DNA复制过程中，重复元素 “错开”产生了差异，这可以被用来表征品系。开发出以变化的微卫星位点为目标的遗传检测用来表征堆形艾美球虫、毒害艾美耳球虫、柔嫩艾美耳球虫和巨型艾美耳球虫。

在第一次全国性地评估艾美耳遗传多样性时使用新的诊断测试筛选澳大利亚品种和品系。对品系进行基因分型并分配遗传条形码。将疫苗品系也进行了比较并分配了条形码。

此项目的结果包括：

• 开发出新的品种诊断检测方法，比当前使用的检测方法检测范围更广泛而且比许多检测便宜。
• 开发了15个以线粒体基因组的SNPs为靶向的新品系诊断学测试。
• 开发出38个新品系诊断学测试，以澳大利亚艾美耳品种的核基因组内的基因微卫星为靶向。现在对4个艾美耳品种能从野生品系中区别出疫苗品系。这些分析试验可以通过提供精确的品系水平的疾病诊断来降低管理疾病爆发的成本。
• 扩展了现有冷冻保存的艾美耳品种和品系库，增加了42个新的含123例感染的稳定生物。

Morgan给研究下的总的结论是在澳大利亚球虫病是普遍存在的，品种是无处不在的、动态的和遗传多样性的，而且这种多样性似乎没有地理位置差异。因此国家采取措施控制球虫病的传播似乎是不必要的。

她还说她希望未来的研究集中在表征三个知之甚少的操作分类单元对行业的影响，通过筛选盲肠样本测量商业鸡群柔嫩艾美耳球虫的真实发病率，并进一步测试优化疫苗品系诊断法。

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