使用微生态制剂有方法微生态制剂是采用已知有益的微生物，经筛选、培养、发酵等特殊工艺制成的益生菌及代谢产物和生长促进物质制成的活菌制剂。在畜禽养殖生产中已经替代了部分抗生素的应用，为健康养殖做出了巨大的贡献。所以微生态制剂已经作为一种安全、绿色的饲料添加剂，已广泛应用于养殖生产中，并取得了很好的效果。但是在临床应用中也要注意以下问题。
1、合理选种
不同微生物产品有不同的功效，畜禽机体内环境的PH值、菌群比例、菌群种类均有不同的需求，另外在畜禽痊愈后，由于感染不同种类的疾病对机体的损伤以及体内微生物的平衡度也不同，所以使用前要充分了解菌种的功效和种类，使疗效达到最佳。
2、注意保存的地点和环境条件
环境中的水分、温度、湿度以及光照等都能对微生物制剂带来严重的影响，如果在高温高湿的环境中很有可能造成微生物制剂的二次发酵，或影响到其代谢产物和营养物质的保存，从而降低微生物的功效。
3、保存时间和使用时间要合理
由于微生物制剂随时都在发生着生物性变化，会产生大量的代谢产物，同时也在消耗大量的营养物质，所以保存时间越短越好，一旦其所需消耗物质殆尽后，将会影响到微生物的生存，而降低其活菌率。
此类制剂多用于老弱病畜禽，受畜禽机体健康状况的影响，效果显现的程度也不一样，另外此类制剂效果虽好但是却没有立竿见影的效果，所以应用时间最好稍长一些效果更好。
4、与抗生素谨慎配伍
微生态制剂的疗效在于活菌率，而抗生素大都具备广谱抗菌作用，极易造成微生物失去活性，因此在与抗生素同天使用时，最好间隔2个小时以上。
随着人们对微生物制剂的深入研究，更多了解到微生物对疾病防治、促进生长、改善机体内环境、提高免疫系统功能等方面具有很强的效果，并已广泛应用到临床中去，所以在未来的养殖中微生物制剂有望成为替代抗生素的最佳替代品。
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