肠道正常菌群对宿主的粘膜免疫发挥重要作用。在无菌动物，由于缺乏微生物的刺激，不仅脾脏及粘膜淋巴组织不发达，淋巴细胞少，且肠道内产生lgA的浆细胞数量只有普通动物的十分之一,但在接种肠道正常菌群后粘膜免疫水平可增加至普通动物水平。
研究发现，肠道正常菌群的革兰氏阴性杆菌产生的内毒素对激活宿主的粘膜免疫系统具有重要作用，特别是双歧杆菌和乳酸杆菌。
宿主血清和肠粘膜表面存在着能与原籍细菌反应的抗体，但这些抗体对原籍细菌在肠粘膜及隐窝等部位上定植和增殖并无影响，这是由于原籍细菌与其定居部位的宿主细胞通过糖须或糖被而建立了某种特殊的关系。
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