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最近几年，全国广泛得用疫苗对禽流感进行预防，虽然取得了可喜的成绩,，但是由于疫苗的缺陷，又会带来不少问题。总体来看，目前的疫苗存在着以下几个问题:
1、对应性差：由于禽流感病毒的血清型太多，各地发生的毒株都不一定相同，并且变异性较强，所以对大范围都适应的疫苗制作带来了很大的困难。据说全国流感疫苗的类型有27种，但是一样不能有效的对应各地的毒株。
2、免疫性差：据报道，目前所用流感疫苗的免疫效果不尽如人意，最好的H5+H9保护率是67%，最差的H5N28只有30%左右。因而，使得对此病的控制需要短期内多次注射，一般最长三个月，所以产蛋前需要三次。
3、应激反映大：临床实践证明，100日龄以后注射疫苗可以引起鸡群的食欲减退，盛产期注射疫苗能够引起产蛋量大幅度下降，可以丛九成降到四成左右。
4、散毒性强：在没有发生过流感的地区，注射流感苗的鸡群流感的发病率高，没有注射过的，注射越频繁的发病的几率越大；在发生流感紧急注射时，用过疫苗的鸡群应激反映大于没有注射过的。
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